Koncepcja MPN zrodziła się w latach siedemdziesiątych z inicjatywy środowisk ochroniarskich reprezentowanych przez Polską Akademię Nauk i Polskie Towarzystwo Leśne. Idea parku zakładała wypełnienie luki pomiędzy obszarami chronionymi w Karpatach - Bieszczadzkim Parkiem Narodowym i Parkami Narodowymi Karpat Zachodnich: Pienińskim, Gorczańskim, Babiogórskim oraz Tatrzańskim i miało na celu stworzenie jednolitego, rozległego systemu ochrony walorów przyrodniczych. Przed utworzeniem Magurskiego PN istniała w tym rejonie luka rozciągająca się na przestrzeni 190 km.
Magurski Park Narodowy utworzony został z dniem 1 stycznia 1995 roku, na mocy rozporządzenia Rady ministrów z dnia 24 listopada 1994 roku. Dyrekcja i administracja MPN mieści się we wsi Krempna, a we wsi Nowy Żmigród znajduje się Ośrodek Naukowo - Dydaktyczny. Obszar zajmowany przez park to 19 961,92 ha, w tym w powiatach krośnieńskim i jasielskim (woj. podkarpackie) 19 338,21 ha (w gminach: Dębowiec, Krempna, Lipinki, Osiek Jasielski, Nowy Żmigród) i 632,71 ha w powiecie gorlickim (woj. małopolskie) w gminie Sękowa. Powierzchnia otuliny, czyli specjalnego obszaru osłaniającego park od szkodliwego oddziaływania czynników zewnętrznych, wynosi 22 697 ha. Park obejmuje znaczną część obszaru źródliskowego rz. Wisłoki, a mianowicie najwyższą część Pasma Magurskiego - masyw Magury Wątkowskiej oraz fragment głównego grzbietu karpackiego przy granicy ze Słowacją. Park stanowi naturalne przedłużenie na zachód różnej rangi wielkoobszarowych obiektów ochrony przyrody byłych województw: krośnieńskiego, przemyskiego i rzeszowskiego, a obecnie (od 1999 roku) województwa podkarpackiego.
W granicach parku znalazł się reprezentatywny fragment Beskidu Niskiego z najlepiej zachowaną szatą roślinną i fauną. Położony w strefie przejściowej, między Karpatami Zachodnimi i Wschodnimi, obszar MPN jest skrzyżowaniem korytarzy ekologicznych. Gatunki górskie wschodnio i zachodnio karpackie, migrujące w przeciwnych kierunkach wzdłuż grzbietu Karpat, napotykają na teranie parku gatunki niżowe, wchodzące w obniżenie Beskidu Niskiego. Takie nakładanie się różnych elementów geograficznych flory i fauny nadaje szacie roślinnej i faunie MPN swoisty i odmienny charakter. Krajobraz parku to typowy dla Beskidu Niskiego krajobraz gór średnich i niskich, dominują łagodne, zalesione grzbiety górskie, z których wiele ma w swej nazwie prastare słowo magura, oznaczające właśnie taki grzbiet (stąd nazwa parku); od ich podnóży (380 - 400 m n.p.m.) po szczyty (nieliczne przekraczają 800 m n.p.m.).
Pod względem budowy geologicznej na całym obszarze parku dominują nieodporne i przez to podatne na modelowanie, skały fliszowe (seria naprzemianlegle ułożonych warstw skalnych, m.in. piaskowców, powstała na dnie mórz w skutek działalności tzw. prądów zawiesinowych, które doprowadziły do charakterystycznego uwarstwienia) płaszczowiny magurskiej. Tylko gdzieniegdzie sterczą wypiętrzone tzw. sykliny twardego, odporniejszego na wietrzenie piaskowca magurskiego, tworząc całe zgrupowania lub pojedyncze okazy przedziwnie ufundowanych wychodni skalnych.
